Sinds mei 2009 is het Vleermuisprotocol vastgesteld. Dit is opgesteld door het Netwerk Groene Bureaus en de Zoogdiervereniging VZZ in overleg met de Dienst Landelijk Gebied (DLG) en de Gegevensautoriteit Natuur (GaN).

Vleermuizen en hun verblijfplaatsen zijn jaarrond zwaar beschermd middels de Flora- en faunawet. Het protocol dient als leidraad voor het bepalen hoe en hoe vaak geïnventariseerd moet worden om de functie van een plangebied voor vleermuizen efficiënt en effectief in kaart te brengen voor de Flora- en faunawet. Indien het vleermuisprotocol wordt gevolgd, kan men er vanuit gaan dat voldoende onderzoeksinspanning is uitgevoerd om vleermuizen op een specifieke locatie aan te tonen dan wel uit te sluiten: DLG zal bij een eventuele ontheffingsaanvraag geen aanvullend vleermuisonderzoek verlangen en in een eventuele juridische procedure zal het onderzoek standhouden.

Jaarlijks wordt het protocol geëvalueerd en waar nodig aangepast. Onlangs (27 maart 2013) is het vleermuisprotocol 2013 uitgebracht. Het NWC volgt bij haar vleermuisonderzoek en bijbehorende advisering altijd dit meest recente protocol.